2x1 – Railgun Mikoto und die Clique besuchen Banri im Krankenhaus. Doch plötzlich wird Erii als Geisel genommen, was eine gewalttätige Auseinandersetzung auf dem Dach zur Folge hat.
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2x2 – Kritisch Mikotos Recherchen über die rätselhaften Umschläge voller Bargeld führen sie zu einer Schülerin, die behauptet, dass sie andere allein mit ihrer Berührung töten kann.
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2x3 – Das Klonprojekt Ein Hinweis aus ihrem letzten Abenteuer lässt Mikoto erkennen, dass ihre vor langer Zeit gegebene DNA-Spende dazu genutzt wurde, ihre sogenannten „Schwestern“ zu klonen.
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2x4 – Schwestern Nachdem die Gerüchte über ihre Klonung scheinbar entkräftet wurden, geht Mikoto mit Kazari und Erii einkaufen, trifft jedoch später auf ein sehr bekanntes Gesicht.
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2x5 – Level-6-Shift Mikoto erfährt, dass Misaka 9982 eine von 20.000 Klonschwestern ist, die alle im Kampf gegen Accelerator, den mächtigsten aller Level-5-Esper, sterben sollen.
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2x6 – Ich kann euch alle sehen Nach einem erbitterten Kampf mit dem reuelosen Accelerator beschließt Mikoto, die für das Sister-Experiment genutzten Anlagen zu zerstören.
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2x7 – Ich möchte dir helfen, liebe Schwester Mikotos Freunde machen sich allmählich Sorgen über ihre nächtlichen Geheimaktivitäten. Ihnen ist nicht bewusst, dass sie das Klonprojekt fast vollständig zerstört hat.
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2x8 – ITEM Knockraven, ein Verantwortlicher des Klonprojekts, entsendet ein Söldner-Team, um Mikotos Angriffe aufzuhalten. Höhepunkt ist ein Kampf mit der tödlichen Frenda.
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2x9 – AIM-Stalker Mikoto wurde in ihrem Kampf gegen Frenda und die restliche ITEM-Söldnertruppe geschwächt und kann Shinobu daher nicht helfen, als diese gefangen genommen wird.
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2x10 – Meltdowner Nach einem erbitterten, aber siegreichen Kampf gegen die ITEM-Söldnerin Shizuri stellt Mikoto fest, dass die letzte Klonanlage verlassen wurde.
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2x11 – Der Automat Mikotos Siegesfreude wird von Misaka 10031 ein Ende gesetzt, die ihr mitteilt, dass die Klonexperimente noch im Gange sind.
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2x12 – Das Baumdiagramm Mikoto hackt sich in den Supercomputer des Klonprojekts und stellt fest, dass dieser nicht mehr aktiv ist. Misaka 10031 rüstet sich für den Kampf gegen Accelerator.
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2x13 – Accelerator Misaka 10031 wird im Gefecht mit Accelerator getötet. Als Tōma ihre Leiche findet, wird die wahre Natur der Klonschwestern enthüllt.
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2x14 – Das Versprechen Mikoto ist der festen Überzeugung, dass sie das Klonprojekt nur aufhalten kann, indem sie sich von Accelerator töten lässt. Tōma schlägt einen gefährlichen Plan vor.
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2x15 – Toma Kamijo Tōma hält sich im Kampf gegen Accelerator trotz des Kraftunterschieds überaus wacker. Mikoto inspiriert die anderen Klonschwestern derweil, im Kampf zu helfen.
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2x16 – Schwesternschaft Der letzte Kampf gegen Accelerator nimmt ein überraschendes Ende, wodurch auch das Klonprojekt gestoppt wird. Mikoto denkt über die Zukunft der Klonschwestern nach.
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2x17 – Studiengruppe Mikoto muss ihr Fehlen vom Unterricht entschuldigen und erfährt, dass die Lebensdauer der Klonschwestern durch eine Neukonfiguration verlängert werden soll.
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2x18 – Umzug Mikoto und die Clique besuchen Banri, der das Krankenhaus verlassen darf. Kuroko und Kazari bereiten sich auf den Dienst bei einer anstehenden Forschungsausstellung vor.
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2x19 – Forschungsergebnisse Die Clique bringt ein rätselhaftes weißhaariges Waisenmädchen namens Febri in Sicherheit, das Mikoto zu kennen scheint und Ruiko schnell ins Herz schließt.
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2x20 – Febri Auf dem Heimweg aus dem Schwimmbad wird die Clique von einem Mech angegriffen, der sich in Febris Nähe plötzlich abschaltet. Eine erstaunliche Enthüllung folgt.
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2x21 – Dunkelheit Mikoto erzählt ihren Freunden die Wahrheit über Febri. Man ist sich einig, die Herkunft des Mädchens zu untersuchen und es am Leben zu erhalten.
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2x22 – STUDY Mikoto macht Febris Entstehungsort – eine Fabrik – und das rätselhafte Genie ausfindig, das sie erschaffen hat. Außerdem hat sie mit Verrat zu kämpfen.
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2x23 – Anbruch der Revolution (Stille Feier) Mikoto erfährt, dass Shinobu gefangen genommen wurde und nun bei der Erschaffung einer Esper-Armee zum Angriff auf eine Forschungsausstellung helfen muss.
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2x24 – Ewige Party Judgment hilft Kuroko im Kampf gegen die Mech-Armee. Mikoto und Febri müssen unbedingt Aritomis geheimes Versteck ausfindig machen, bevor dieser Academy City zerstört.
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Special episode that was bundled with the official visual book.
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